आईसीएआर-सीआईएई, भोपाल में संचालित स्नातकोत्तर (पीजी) कार्यक्रम, आईएआरआई, नई दिल्ली के पीजी स्कूल का एक विस्तार कार्यक्रम है, जिसका उद्देश्य कृषि अभियांत्रिकी (फार्म पावर एवं उपकरण तथा कृषि प्रसंस्करण एवं संरचनाएँ) में शैक्षणिक गतिविधियों के सुचारू संचालन को सुनिश्चित करना है।

आईसीएआर-सीआईएई, भोपाल के निदेशक स्नातकोत्तर कार्यक्रम के प्रोफेसर होते हैं। वर्तमान में विभिन्न विषयों के अंतर्गत कृषि अभियांत्रिकी के 46 स्नातकोत्तर शोधार्थी आईसीएआर-सीआईएई, भोपाल में पंजीकृत हैं, जो अपना पाठ्यक्रम एवं शोध कार्य पूर्ण कर रहे हैं। स्नातकोत्तर अध्ययन को सुदृढ़ करने हेतु पीजी प्रकोष्ठ की स्थापना, स्मार्ट कक्षा कक्ष, संगोष्ठी कक्ष, आवास, मेस सुविधा आदि जैसी विभिन्न गतिविधियाँ पूर्ण की जा चुकी हैं। आईसीएआर-सीआईएई, भोपाल में पीजी गतिविधियों के अंतर्गत कृषि अभियांत्रिकी के क्षेत्र में शिक्षण एवं प्रशिक्षण कार्यक्रमों के माध्यम से मानव संसाधन विकास एवं क्षमता निर्माण का कार्य किया जा रहा है।